gaussian

Gaussian熱化学解析(Thermochemistry)の見方

この記事ではGaussianの熱化学解析(Thermochemistry)の見方についてご紹介します。 インプットファイル 熱化学解析は振動数計算(freq)により見ることができます。振動数計算はルートセクションにfreqを追加してやることで計算できます。以下に振動数計算のイ…

計算化学大まかなイメージまとめ|MM,MD,MO,DFTの違いは?

分子力学法 Molecular Mechanics (MM) MMでは、化学結合は電子間の相互作用であるという概念を忘れ、原子と原子は化学結合という名前のバネで結ばれているという大胆な過程の基に計算を行います。 http://molecules.a.la9.jp/modeling/molecular%20mechanics…

ある結合の長さを固定しながら構造最適化する方法[Gaussian]

このページではGaussianにおいて、ある結合の長さを固定しながら構造最適化する方法についてご紹介しようと思います。 例としてメタン(CH4)のC-H結合1つを2.5Åに固定しつつ構造最適化してみようと思います。 分子モデリングソフトによるインプットファイルの…

Gaussianで計算したIRCの結果を可視化する方法

このページではGaussianで計算したIRCの結果を可視化する方法についてご紹介しようと思います。 Gauss viewを持っていれば簡単な話なのだと思いますが、Gauss viewは有料です。 価格が見積もりになっているあたり高そうな気がします。 そんなわけで、できれ…

Avogadroで3D分子を書くのが苦手な方へ Molviewからの変換方法

「Avogadroって操作が難しくて分子を書くのが難しい。」 「Avogadroを使っているけど、3Dなので思い通りの分子を書くことができない。」 このように思っている方が多いのではないでしょうか? 「やっぱり無料ソフトでは限界があるのかー、Chem 3Dを購入する…

web分子お絵かきソフトMolviewの使い方

「分子を書きたいけど、ソフトダウンロードするのが面倒くさい。」 「分子モデリングソフトってChem Drawが主流でしょ。でも高いし。」 このように思っている方も多いのではないでしょうか? 今回はそんなお悩みが解決するMolviewについてご紹介いたします。…

分子モデリングソフトAvogadroでの分子の書き方

分子モデリングソフトAvogadroで分子の書きたいがよくわからない。 って方多いのではないでしょうか?私だけでしょうか?w 私は最初よくわかりませんでした。 メタンとエタンしか書けないじゃないか! とか思っていました。 私のように悩んでいる人もいるか…

分子モデリングソフトAvogadroのインストール方法

このページでは分子モデリングソフトであるAvogadroのインストール方法について説明させていただきます。 分子を書くだけでなくGaussianインプットファイルの作成も行うことができます。 また、このソフトはGaussianアウトプットファイルの読み込みも行うこ…

gaussian HOMO,LUMOの可視化方法

Gaussianで計算した分子のHOMO(最高被占軌道)とLUMO(最低空軌道)を可視化する方法について、このページでは説明しています。 ここでは例として水分子のHOMOとLUMOの可視化を行っていきます。 まずは、分子お絵かきソフト(chem 3Dやwinmostarなど)で水分子(H2…

gaussianインプットファイルの作り方 構造最適化編

このページでは構造最適化するためのgaussianインプットファイルの作り方をご紹介いたします。 構造最適化は、インプットファイルに入力された構造を始点として、エネルギーが低くなる方向へ少しずつ構造を変化させ、エネルギーが極小値となる構造を探します…

gaussianインプットファイルの作り方 winmostar編

このページではwinmostarでのgaussianインプットファイルの作り方をご説明しております。 winmostarは無料版と有料版がありますが、今回行うgaussianインプットファイルの作成は無料版でもできます。 まずはWinmostarを起動させましょう。 ライセンスコード…